No Colégio Cristo Rei, os anos iniciais do Ensino Fundamental privilegiam a construção do conhecimento, a formação humana do aluno e sua inserção no ambiente social, visando prepará-lo para os desafios e metas dos anos finais do Ensino Fundamental. O objetivo desta etapa é instigar o desejo e a aptidão pelo conhecimento, possibilitando que os alunos entrem em contato com novas realidades e aspectos de ensino. 

Dentre os projetos desenvolvidos com as turmas dos anos iniciais do Ensino Fundamental (1º ao 5º Ano), além daqueles referentes às datas comemorativas, temos a Manhã Literária, o Pequenos Cientistas e a Mostra CCR, que buscam promover o gosto pela leitura, o fascínio pelo universo da ciência, o prazer por novas descobertas e a inserção dos alunos no contexto de temáticas atuais e relevantes à vida presente, ampliando, de maneira prática e lúdica, o conhecimento dos alunos.